Lourenço Marques được đặt tên theo nhà thám hiểm Bồ Đào Nha, người cùng với António Caldeira được thống đốc Đảo Mozambique cử đi khám phá khu vực xung quanh.[8] Họ phát hiện ra khu vực hạ lưu của các con sông đổ ra vịnh Delagoa, đặc biệt là cửa biển Espírito Santo. Các pháo đài và điểm mậu dịch mà người Bồ Đào Nha thiết lập, bỏ hoang và tái chiếm lại ở bờ bắc của các con sông đều được đặt tên là "Lourenço Marques". Thị trấn tiền thân của thành phố ngày nay bắt đầu từ năm 1850 trong khi khu dân cũ trước đó đã bị người bản địa phá hủy hoàn toàn.

Vào ngày 10 tháng 11 năm 1887, Lourenço Marques chính thức trở thành một thành phố.[9] Cuộc xung đột giữa Bồ Đào Nha và Anh nhằm giành quyền kiểm soát Lourenço Marques kết thúc vào ngày 24 tháng 7 năm 1875 với việc Tổng thống Pháp Patrice de Mac Mahon tuyên bố Lourenço Marques là của Bồ Đào Nha.

Vào năm 1871, thị trấn vẫn còn là một khu nghèo nàn, với những con đường nhỏ hẹp, những ngôi nhà mái bằng, lều tranh, những pháo đài mục nát. Sự nổi lên của Cộng hòa Transvaal khiến Bồ Đào Nha buộc phải phát triển một hải cảng. Vào năm 1876 Chính quyền Bồ Đào Nha cử một nhóm người để nạo vét khu vực bùn đất gần khu dân cư, với mục đích trồng cây bạch đàn, xây nhà thờ và bệnh viện. Vào năm 1898 thành phố thay thế cho Đảo Mozambique trong vai trò thủ đô Mozambique thuộc Bồ Đào Nha. Vào năm 1895, việc khai trương tuyến đường sắt của NZASM tới Pretoria, Nam Phi, giúp dân số của thành phố gia tăng đáng kể. Cơn sốt vàng Witwatersrand vào năm 1886 giúp phát triển kinh tế của thành phố cuối thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20 do Lourenço Marques là cảng gần nhất được sử dụng để xuất khẩu vàng từ Nam Phi.[6]

Vào đầu thế kỷ 20, với một cảng biển có đầy đủ thiết bị máy móc, bến bãi, cầu tàu, lán và cần trục, cho phép các tàu thuyền lớn có thể bốc dỡ hàng hóa trực tiếp lên các toa tàu, Lourenço Marques phát triển mạnh dưới sự cai trị của Bồ Đào Nha và trở nên quan trọng hơn. Cảng Maputo đón nhiều tàu chở hàng của Anh, Bồ Đào Nha hay của Đức, hầu hết các mặt hàng nhập khẩu tới từ Southampton, Lisboa, và Hamburg.

Do sự gia tăng dân số và nền kinh tế ngày một mở rộng nên kể từ thập kỷ 1940, chính quyền Bồ Đào Nha cho xây dựng một mạng lưới các trường cấp một và cấp hai, các trường công nghiệp và thương mại cũng như trường đại học đầu tiên trong khu vực — Đại học Lourenço Marques, khai giảng lần đầu năm 1962. Các cộng đồng người Bồ Đào Nha, tín đồ Hồi giáo (trong đó có tín đồ Ismaili), người Ấn Độ (trong đó có người quê ở Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha) và người Hoa (trong đó có người Maca) là những cộng đồng giàu có nhất ở đây nhờ tập trung phát triển mảng công nghiệp và thương mại. Các khu vực thành thị của Mozambique phát triển nhanh trong thời kỳ này do không có luật lệ nào hạn chế người bản địa Mozambique di cư trong nước. Điều này khác hoàn toàn so với chính sách apartheid của nước Nam Phi láng giềng.[6] Trước khi Mozambique giành độc lập năm 1975, hàng ngàn du khách tới từ Nam Phi và Rhodesia (nay là Zimbabwe) tới du lịch tại các bãi biển, khách sạn, nhà hàng, sòng bạc, và nhà thổ ở đây.[10][11]

Mặt trận Giải phóng Mozambique, hay FRELIMO, được thành lập tại Tanzania vào năm 1962 do Eduardo Mondlane đứng đầu, phát động cuộc đấu tranh giành độc lập từ tay Bồ Đào Nha. Chiến tranh giành độc lập Mozambique kéo dài trong 10 năm và kết thúc vào năm 1974 khi chính quyền Estado Novo bị lật đổ ở Lisboa sau một cuộc đảo chính quân sự của phe cánh tả. Chính phủ mới của Bồ Đào Nha trao trả độc lập cho hầu hết các thuộc địa hải ngoại của Bồ Đào Nha (ngoại trừ Đông Timor và Ma Cao).

Độc lập

Cộng hòa Nhân dân Mozambique tuyên bố độc lập vào ngày 25 tháng 6 năm 1975 dựa trên nội dung của Hiệp định Lusaka ký vào tháng 9 năm 1974.[12][13] Một cuộc diễu hành và buổi tiệc chiêu đãi kết thúc lễ mừng độc lập tại thủ đô, nơi người ta dự định đổi tên thành Can Phumo, hay "Xứ Phumo," theo tên của một tù trưởng người Shangaan sống ở khu vực này khi nhà thám hiểm Lourenço Marques tới đây lần đầu năm 1545.[14] Tuy vậy vào tháng 2 năm 1976 tên gọi của thành phố được đổi thành Maputo. Tên gọi này dựa theo tên của sông Maputo. Đây là con sông ngăn cách Mozambique và Nam Phi ở phía nam Mozambique và mang ý nghĩa biểu tưởng trong cuộc đấu tranh vũ trang của FRELIMO chống Bồ Đào Nha, vơi khẩu hiệu Viva Moçambique unido, do Rovuma ao Maputo ("Mozambique muôn năm, thống nhất từ Rovuma cho tới Maputo"; Rovuma là con sông biên giới với Tanzania ở cực bắc đất nước).

Sau độc lập, các bức tượng danh nhân Bồ Đào Nha bị gỡ bỏ và được lưu trữ trong pháo đài. Các binh sĩ da đen thay thế các binh sĩ Bồ Đào Nha (cả da trắng và da đen) trong các trại lính và trên đường phố của Maputo. Hầu hết các con đường mang tên các anh hùng người Bồ Đào Nha hay các ngày tháng quan trọng trong lịch sử Bồ Đào Nha được đổi sang tên tiếng châu Phi, tên các nhân vật cách mạng, hoặc các tên từ thời tiền thuộc địa.

Sau cách mạng Hoa Cẩm chướng ở Lisboa, trên 250.000 người Bồ Đào Nha quyết định rời bỏ Mozambique[14] khiến nền kinh tế và chính quyền không có ai quản lý. Quốc gia non trẻ không có thời gian để phân bổ nguồn tài nguyên và duy trì cơ sở hạ tầng. Thêm vào đó các chính sách kiểu Stalin độc đoán và quan liêu khiến Mozambique rơi vào tình trạng cực kỳ bấp bênh ngay từ đầu, tiền đề khiến nền kinh tế đi xuống. Đảng cầm quyền FRELIMO buộc phải trông cậy vào sự giúp đỡ từ các nước cộng sản như Liên Xô và Cộng hòa Dân chủ Đức. Đầu thập niên 1980 đất nước rơi vào tình trạng vỡ nợ. Đồng tiền mất giá trong khi các cửa hàng thì trống không. Ngay sau khi độc lập, đất nước tiếp tục chìm trong cuộc Nội chiến Mozambique giữa hai phe FRELIMO và RENAMO, kéo dài từ năm 1977 tới 1992. Chiến tranh ảnh hưởng xấu đến hoạt động kinh tế và ổn định chính trị trong thành phố. "Chiến dịch Sản xuất" (Operação Produção) được thực hiện vào năm 1983 bởi đảng FRELIMO nhằm đối phó với tình trạng khủng hoảng. Các cư dân không giấy tờ tùy thân, dân thành thị "ăn bám", cũng như các cá nhân có biểu hiện tội phạm, bị buộc chuyển đến các trang trại và ngôi làng thuộc sở hữu nhà nước ở vùng nông thôn phía bắc Mozambique.[6][7]

Kể từ khi hiệp định hòa bình kết thúc nội chiến được kí kết năm 1992, cả nước cũng như Maputo dần trở lại ổn định và thu hút nhiều đầu tu nước ngoài.[15]